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Unité mixte de recherche

UMR 7208 - Biologie des ORganismes et Écosystèmes Aquatiques · BOREA

Biologie intégrative, imagerie, santé, environnement

Adresse :
Université de Caen Normandie - Esplanade de la Paix - CS 14032
14032 Caen Cedex 05
Mèl :
pascal.sourdaine@unicaen.fr
Sur Internet :
http://borea.mnhn.fr/
Téléphone :
02 31 56 54 86
Télécopie :
02 31 56 53 46
Structure(s) de rattachement :
UFR des Sciences
École doctorale :
ED 497 · Normande de biologie intégrative - santé - environnement

Tutelle

MNHN - Unicaen - CNRS - UPMC - IRD

Equipe

  • Mme Sylvie Dufour, Directrice
  • MM. Thierry Oberdorff & Pascal Sourdaine, Directeurs adjoints

Axe(s) de recherche

BOREA (site de Caen) étudie des mollusques marins exploités, notamment l’huître creuse Crassostrea gigas et la seiche Sepia officinalis, et leurs écosystèmes par la prise en compte de différents niveaux d'étude (moléculaire, cellulaire, au niveau de l’organisme et de son environnement) et permettre ainsi une approche intégrée pour la gestion des ressources marines. Les recherches du site de Caen sont organisées selon 2 axes principaux :

  • La physiologie de la reproduction des mollusques marins (huître, seiche) dont l’enjeu prioritaire est de comprendre les mécanismes de la régulation endocrine et paracrine des fonctions de reproduction (différenciation, déterminisme du sexe, contrôle de la gamétogenèse et de l’émission des gamètes, des métabolismes énergétiques associés) et de développer des tests fonctionnels visant, en priorité, à déterminer le rôle des facteurs environnementaux dans ces régulations. D’autres organismes appartenant aux Lophotrochozoaires (bulot) et aux Elasmobranches (roussette) sont étudiés ;
     
  • Le fonctionnement des écosystèmes marins exploités appréhendé en développant une approche intégrative depuis les niveaux infra-individuels jusqu’à l’écosystème en passant par l’étude des organismes et des communautés. Cet axe est développé au travers de trois thèmes principaux qui sont les producteurs primaires (phytoplancton, microphytobenthos, macroalgues), les interactions trophiques avec les ressources exploitées (huître, seiche, et ormeau) et l’effet des pressions anthropiques (contaminations du milieu et changements globaux).

BOREA (Caen) inscrit également ses recherches vers des applications à la conchyliculture, la phycoculture, la valorisation des produits de la pêche ou cosmétologiques et biomédicales.

Formations

Mots-clés :
  • Mollusques, bivalves, céphalopodes, macroalgues, phytoplancton, microphytobenthos, diatomées, croissance, différenciation, biologie de la reproduction, aquaculture, conchyliculture, environnement, biologie marine, biodiversité, dynamique des populations et des peuplements, modélisation des écosystèmes, écophysiologie, écotoxicologie, anthropisation, producteurs primaires.

Savoir faire :
  • Physiologie des mollusques marins :
    • Histologie, immunohistologie, histo-imagerie ;
    • Mise en œuvre de tests biologiques in vivo et in vitro ;
    • Analyse des génomes et de l’expression des gènes (PCR en temps réel, puces à ADN, hybridation in situ, méthylation de l’ADN) ;
    • Développement d’outils fonctionnels (invalidation de gènes, endocrinologie inverse) ;
    • Caractérisation de peptides (HPLC, spectrométrie de masse) ;
    • Effet de la contamination chronique du milieu sur les mollusques marins ;
    • Dosages biochimiques ;
       
  • Producteurs primaires, écologie des réseaux trophiques et des habitats :
    • Phytoplancton : détermination, cultures, cycles de vie de différentes espèces phytoplanctoniques dont espèces toxiques (diatomée Pseudo-nitzschia spp), mesure des flux cellulaires et de excrétions de carbone, dynamique des efflorescences ;
    • Macroalgues : détermination, cultures in vitro ;
    • Signatures isotopiques (δ15N, δ34S, δ13C) ;
    • Etudes des biofilms microphytobenthiques ;
    • Modélisation des écosystèmes, en particulier conchylicoles ;
    • Modèles énergétiques, de réseaux d’interactions et couplés physique/biologie.

Equipements

  • Histologie/Cytologie : microtome, cryotome, automate d’inclusion, microscopes (fluorescence, inversés), station d’histologie quantitative (scanner + logiciel) ;
     
  • Cultures de cellules animales et végétales : Salles de culture, enceintes thermorégulées, hottes à flux laminaire, incubateurs ;
     
  • Techniques de séparation : électrophorèse bidimensionnelle, HPLC / analyseur quadripolaire, chromatographie phase gazeuse (CPG), chromatographie basse pression ;
     
  • Techniques de biologie moléculaire : électrophorèses, hotte PCR, PCR en temps réel, salle OGN ;
     
  • Écophysiologie : Stations de modélisation, unité de mesure de chlorophylle (PAM), érodimètre.

BOREA (Caen) est membre du Centre de Recherches en Environnement Côtier (CREC) et bénéficie de moyens d’accès à la mer et de structures d’élevage en eau de mer à la station de Luc sur Mer.

BOREA (Caen) est membre de la SFR ICORE et bénéficie des plateaux techniques correspondants : Centre de microscopie appliqué à la biologie (CMABio), Plateforme PROTEOGEN (MALDI TOF/TOF, stations d’hybridation de puces ADN, automates de préparation, électrophorèses protéiques…), spectrométrie de masse isotopique, cryométrie en flux, IMOGERE (Installation de mise en œuvre et de gestion des radio-élements)…

Partenariats

  • International hors Europe :
    • Chaire d’excellence régionale Professeur GUO Ximing (Rutgers, the State University of New Jersey, USA) : adaptabilité de l’huître creuse à son environnement. (Financement Région Basse-Normandie – FEDER)

       
  • Européens :
    • REPROSEED - FP7 (2010-2013). “Research to improve Production of seed of established and emerging bivalve species in European hatcheries”;
       
    • CHARM 3 (Interreg IV A 2009-2012) “Phyto-Manche - Channel integrated Approach for marine Resource Management”;
       
    • CRESH (Interreg IV A 2009-2012) : “Cephalopod Recruitment from English Channel Spawning Habitats”;
       
    • CHRONEXPO (Interreg IV A 2010-2014) Studies on the effects of chronic exposure of marine organisms to contaminants from industry in the English Channel;
       
    • RECIF (Interreg IVA 2013-2015) “REuse of byproducts in Concrete artIficial reeF ”.

       
  • Nationaux :
    • GDR IFREMER-Polynésie Française ADEQUA (2008-2012) Amélioration de la qualité de la perle de Pinctada margaritifera en Polynésie Française ;
       
    • LEFE, CNRS INSU -CROCOCYCLE (2009-2012). “Metabolic regulations of nitrogen (N2) fixation, carbon acquisition and their dependence on the cell cycle in unicellular cyanobacteria”;
       
    • ANR « Gametogenes » (2009-2012) « Génomique de la gamétogenèse chez l’huître creuse Crassostrea gigas » ;
       
    • FLUMES 2 (Seine Aval 2010-2011) « Flux de matières en estuaire de Seine » ;
       
    • ANR Pharm@Ecotox (2010-2014) « Résidus pharmaceutiques et écotoxicologie en milieu marin » ;
      ANR Systerra COMANCHE (2011-2014). « Interactions écosystémiques et impacts anthropiques dans les populations de Coquilles Saint-Jacques de la MANCHE » .

       
  • Régionaux :
    • EMERGENCE INNOTOX 2 –«Développement de méthodes in vitro et in silico pour l’évaluation de la toxicité de substances chimiques vis-à-vis d’espèces marines exploitables » ;
       
    • GIGAVIR (étude sur les mortalités virales du naissain d’huitre) ;
       
    • Programmes «Initiative et synergie partenariale pour le développement de pratiques novatrices et durables».

       
  • Industriels :
    • SEAMINEROIL (Pôle compétitivité, FUI, 2009-2012) valorisation des co-produits de la pêche et de l’aquaculture. Développement de nouveaux produits à partir des fractions minérales et lipidiques des co-produits ;
       
    • BIOTECHMARINE – Pontrieux (Côtes d’Armor) 2008-2011 : Production de biomasse algale par élaboration de systèmes de micropropagation à partir de cellules somatiques (protoplastes, culture d’explants) et de semences naturelles (zygotes) chez différentes algues d’intérêt économique ;
       
    • ALGOHUB Labélisé Pôles de compétitivité (2009-2012) : Exploration de la biodiversité, caractérisation et cultivabilité de souches de microalgues d’Algobank-Caen - Oséo - Roquette SA.

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Dernière modification : 29 mai 2018


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UNICAEN
Université de Caen Normandie
Esplanade de la Paix | CS 14032 | 14032 CAEN cedex 5